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氣調包裝機的效果主要體現在三個方面：
其一，抑菌作用，對于新鮮水果和蔬菜。抑制呼吸和成熟，保持食物，特別是烘焙食品的原有味道和形狀，減少油脂氧化產生的異味。
從食品包裝到運輸和儲存，改性氣氛包裝的效果受到許多因素的制約，包括二氧化碳抑菌的選擇性、二氧化碳的濃度以及改性氣氛封裝材料的性能。 根據微生物代謝的需氧量，可分為需氧微生物、兼性厭氧微生物和厭氧微生物。需氧微生物是指只有在需氧條件下才能正常生長的生物，包括一些需氧細菌和霉菌。對于這些微生物，如果二氧化碳濃度低于10%，則可以抑制其生長。二氧化碳對不同屬霉菌的抑制作用也不同，例如青霉菌比曲霉對二氧化碳的耐受性更強。
其二，兼性厭氧微生物是指能夠在需氧和厭氧環境中生存的微生物，如酵母。當氧氣缺乏時，這類微生物可以通過將糖轉化為二氧化碳和乙醇來生存，因此對二氧化碳的抑制作用會降低。
其三，厭氧微生物是指在厭氧條件下比在需氧條件下生長更好的微生物。例如，梭狀芽胞桿菌在厭氧條件下快速繁殖，這會分解糖類，導致水果和蔬菜的產氣變質和蛋白質變質。如果這類微生物存在，將大量二氧化碳填充到包裝中會促進包裝系統中氧含量的降低，這不利于抑制這類微生物的生長。
